يُعنى برنامج الملاحة البحرية بإعداد كوادر مؤهلة في علوم الملاحة وعمليات السفن وإدارتها، وفقًا للمعايير الأكاديمية ومتطلبات المنظمة البحرية الدولية واتفاقية STCW 78، بما يضمن الاعتراف الدولي بمخرجاته. ويجمع البرنامج بين الدراسة النظرية والتطبيق العملي في مجالات الملاحة، واستقرار السفن، والمناورة، والقوانين البحرية، وأنظمة الملاحة والاتصالات، والسلامة والأمن البحري، بهدف إعداد ضباط بحريين ذوي كفاءة مهنية وتشغيلية عالية كما يمنح البرنامج درجة البكالوريوس في العلوم (الملاحة البحرية)، إضافة إلى شهادات مهنية معتمدة وفق اتفاقية STCW، ومصدقة من الهيئة العامة للنقل، بما يؤهل الخريجين للحصول على شهادة الكفاءة الوطنية والعمل في القطاع البحري على المستوى الدولي. كما يعتمد البرنامج على التدريب العملي المكثف، بما في ذلك التدريب البحري والمحاكيات المتقدمة، لتعزيز الجاهزية المهنية وتمكين الخريجين من أداء مسؤولياتهم بكفاءة في بيئات العمل البحرية المختلفة.